Encode Toolkit
未申請MCP server and Claude Plugin for a full ENCODE Project genomic data and analysis toolkit — search, download, track, and analyze functional genomics experiments
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claude mcp add encode -- uvx encode-toolkitSearch & Webの他のサーバー
ディレクトリ全体を見る未申請リスティング
このMCPサーバーはあなたのものですか？
このリスティングは公開情報から自動的にインデックスされました。申請することで、ページの編集、互換性の設定、成長ツールのアンロックができます。2分以内に完了します。
このサーバーを申請するセキュリティプロファイル
申請済みおよび認証済みのサーバーは毎週の静的スキャンを受け、コードが到達できる範囲（外部サービス、環境変数、シェルコマンド、エージェント設定フォルダ）と既知のアドバイザリを持つ依存関係が表示されます。このリスティングを申請すると利用できます。 セキュリティプロファイルの仕組み
20 件中 20 件
ドキュメントに記載されたツール (20)
プロジェクトのドキュメントに基づきます。サーバーのハンドシェイクは、各ツールの説明や動作を検証するものではありません。
encode_batch_download
Search + download in one step. Runs in preview mode by default.
encode_compare_experiments
Analyze whether two experiments are compatible for combined analysis.
encode_download_files
Download specific files by accession to a local directory.
encode_export_data
Export tracked experiments as a table (CSV, TSV, or JSON) for Excel, R, pandas.
encode_get_citations
Get publications for tracked experiments. Export as BibTeX or RIS for reference managers.
encode_get_experiment
Get full details for a single experiment including all files, quality metrics, and audit info.
encode_get_facets
Get live counts from ENCODE showing what data exists for given filters.
encode_get_file_info
Get detailed metadata for a single file.
encode_get_metadata
List valid filter values for any parameter.
encode_get_provenance
View provenance chains from derived files back to source ENCODE data.
encode_get_references
Get external references linked to tracked experiments for cross-server workflows.
encode_link_reference
Link external references (PubMed, bioRxiv, ClinicalTrials, GEO) to tracked experiments.
encode_list_files
List files for a specific experiment with format/type filters.
encode_list_tracked
List all experiments in your local tracker with metadata, publication counts, and derived file counts.
encode_log_derived_file
Log a file you created from ENCODE data for provenance tracking.
encode_manage_credentials
Store, check, or clear ENCODE credentials for restricted data access.
encode_search_experiments
Search ENCODE experiments with 20+ filters.
encode_search_files
Search files across all experiments with combined experiment + file filters.
encode_summarize_collection
Get grouped statistics of your tracked experiment collection.
encode_track_experiment
Track an experiment locally with its publications, methods, and pipeline info.