MCP Genelab
未申請A Model Context Protocol (MCP) server for querying Neo4j Graph Databases with customized tools to query the NASA GeneLab Knowledge Graph
01 / クライアントを選択
03 / 設定を追加
claude mcp add --transport stdio 'mcp-genelab' -- 'uvx' 'mcp-genelab'04 / クライアントで確認
クライアントの MCP 設定で接続とツール一覧を確認してください。設定のコピーだけでは接続成功は確認できません。
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ディレクトリ全体を見る未申請リスティング
このMCPサーバーはあなたのものですか？
このリスティングは公開情報から自動的にインデックスされました。申請することで、ページの編集、互換性の設定、成長ツールのアンロックができます。2分以内に完了します。
このサーバーを申請するセキュリティプロファイル
申請済みおよび認証済みのサーバーは毎週の静的スキャンを受け、コードが到達できる範囲（外部サービス、環境変数、シェルコマンド、エージェント設定フォルダ）と既知のアドバイザリを持つ依存関係が表示されます。このリスティングを申請すると利用できます。 セキュリティプロファイルの仕組み
22 件中 22 件
ドキュメントに記載されたツール (22)
プロジェクトのドキュメントに基づきます。サーバーのハンドシェイクは、各ツールの説明や動作を検証するものではありません。
clean_mermaid_diagram
Clean and validate a Mermaid class diagram of the KG schema
create_chat_transcript
Export the current chat as a formatted transcript
create_venn_diagram
Create a Venn diagram comparing DEGs / DMRs / DA organisms across 2 or 3 assays (also supports the expressionmethylation 2×2 grid variant); PNG returned inline and registered for resource fetch
create_volcano_plot
Generate a volcano plot of differential expression / methylation / abundance results; PNG returned inline and registered for resource fetch
fetch_plot
Re-fetch the canonical PNG bytes of a previously generated plot from the in-memory registry (last 8 plots, FIFO eviction). Returns the bytes as an EmbeddedResource so clients can render them inline. Safe to call repeatedly — no Cypher, no matplotlib, no re-render
find_common_de_genes_overlapping_dm_regions
Identify DE genes whose promoter (or other region) is also differentially methylated — supports method-aware significance filtering and pooled-DM evidence across multiple methylation assays
find_common_differentially_abundant_organisms
Intersect differentially abundant organisms across multiple assays
find_common_differentially_expressed_genes
Intersect DEGs across multiple assays (up and down directions kept separate)
find_common_differentially_methylated_regions
Intersect DMRs across multiple assays, with optional MethylationRegion filters
find_differentially_abundant_organisms
Find organisms with differential abundance for a given assay (DESeq2 and/or ANCOM-BC)
find_differentially_expressed_genes
Find up/downregulated genes for a given assay (DESeq2)
find_differentially_methylated_regions
Find hyper/hypomethylated regions for a given assay, with optional inpromoter / inexon / inintron / distance filters
get_neo4j_schema
List all node types, their attributes, and relationships in the knowledge graph
get_node_metadata
Get descriptions of all node types from MetaNode entries
get_output_directory
Return the currently configured output directory
get_relationship_metadata
Get descriptions of all relationship types and their properties
get_save_script
Return a markdown block with multiple save options for a previously generated plot: right-click save, ask-LLM-client-to-save, or fetch via the plot:// resource URI
get_study_info
Get detailed information about a specific study and its assays (metadata + assay inventory)
query
Execute a read-only Cypher query on the Neo4j database. Fallback for questions the specialists don't cover — the DEFAULTINSTRUCTIONS policy directs the LLM to use specialist tools first
select_assays
Browse and filter assays by study, organism, technology, or measurement; resolve a factor pair to one or more assay IDs
set_output_directory
Set the user-facing directory where plots and CSV files should be saved
visualize_schema
Generate a visual schema diagram of the knowledge graph