PDBe MCP Servers
未申請PDBe MCP Servers integrate Protein Data Bank Europe resources with LLMs via Model Context Protocol. Provides seamless access to protein structure data through API tools and graph database schema assistance for intelligent Cypher query generation, bridging structural biology and AI research.
01 / クライアントを選択
03 / 設定を追加
claude mcp add --transport stdio 'pdbe-mcp-servers' -- 'uvx' 'pdbe-mcp-server'04 / クライアントで確認
クライアントの MCP 設定で接続とツール一覧を確認してください。設定のコピーだけでは接続成功は確認できません。
Databasesの他のサーバー
ディレクトリ全体を見る未申請リスティング
このMCPサーバーはあなたのものですか？
このリスティングは公開情報から自動的にインデックスされました。申請することで、ページの編集、互換性の設定、成長ツールのアンロックができます。2分以内に完了します。
このサーバーを申請するセキュリティプロファイル
申請済みおよび認証済みのサーバーは毎週の静的スキャンを受け、コードが到達できる範囲（外部サービス、環境変数、シェルコマンド、エージェント設定フォルダ）と既知のアドバイザリを持つ依存関係が表示されます。このリスティングを申請すると利用できます。 セキュリティプロファイルの仕組み
15 件中 15 件
ドキュメントに記載されたツール (15)
プロジェクトのドキュメントに基づきます。サーバーのハンドシェイクは、各ツールの説明や動作を検証するものではありません。
experimental_method
Structure determination method
get_pdbe_search_schema
Retrieves the complete Solr search schema showing all available fields, data types, and descriptions. Use this to understand what fields you can search and filter on.
ligand_name
Bound ligands
molecule_type
Type of molecule (protein, DNA, RNA, etc.)
organism_scientific_name
Source organism
pdb_id
PDB entry identifier
pdbe_graph_edges
Retrieves metadata about all relationship types (edges) defined in the PDBe graph database schema. This uses the public graph schema and does not require local Neo4j credentials.
pdbe_graph_example_queries
Retrieves example Cypher queries that demonstrate how to interact with the PDBe graph database. This uses the public graph schema and does not require local Neo4j credentials.
pdbe_graph_node_relationships
Verifies selected node labels and returns the incoming, outgoing, and self-loop relationship patterns defined for each label. This uses the public graph schema and does not require local Neo4j credentials.
pdbe_graph_nodes
Retrieves metadata about all node types (labels) defined in the PDBe graph database schema. This uses the public graph schema and does not require local Neo4j credentials.
pdbe_run_cypher_query
Execute custom read-only Cypher queries against your configured Neo4j graph database. This tool is only available when Neo4j environment variables are configured.
release_date
Structure release date
resolution
Structure resolution (Å)
run_pdbe_search_query
Execute Solr-style search queries with flexible field selection, filter queries, facets, grouping, sorting, and pagination options.
title
Structure title/description