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Alphafold Sovereign MCP

未申請

作者: smaniches

BioMed MCP over AlphaFold DB + 8 public sources, with SQLite knowledge graph, offline mode, and explicit clinical-use limits.

alphafoldbioinformaticsclaudeclinvardrug-discoveryknowledge-graphmcpmcp-servermodel-context-protocolprotein-structure

インストール

$alphafold-sovereign-mcp

サーバーをセットアップ

このサーバーには個別の設定が必要です。再利用可能な公開起動コマンドがないため、プロジェクトの手順に従ってください。

プロジェクトの手順

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未申請リスティング

このMCPサーバーはあなたのものですか?

このリスティングは公開情報から自動的にインデックスされました。申請することで、ページの編集、互換性の設定、成長ツールのアンロックができます。2分以内に完了します。

このサーバーを申請する

セキュリティプロファイル

申請済みおよび認証済みのサーバーは毎週の静的スキャンを受け、コードが到達できる範囲(外部サービス、環境変数、シェルコマンド、エージェント設定フォルダ)と既知のアドバイザリを持つ依存関係が表示されます。このリスティングを申請すると利用できます。 セキュリティプロファイルの仕組み

30 件中 30 件

ドキュメントに記載されたツール (30)

プロジェクトのドキュメントに基づきます。サーバーのハンドシェイクは、各ツールの説明や動作を検証するものではありません。

analyze_structural_confidence

mean pLDDT + confidence tier + PAE-derived domain boundaries

assess_target_druggability

UniProt → HOT/WARM/COLD/NOTDRUGGABLE tier

classify_variant_acmg

HGVS → ACMG/AMP criteria checklist (PVS1, PM2, PP3, BP4, BP7, BS1, PP5)

compare_disease_target_overlap

Jaccard similarity of target sets for two diseases

compare_proteins_topologically

Pairwise L2 fingerprint-distance matrix for 2–10 proteins

compute_topology_fingerprint

64-dim TDA fingerprint (Betti numbers β₀ β₁ β₂)

detect_intrinsically_disordered

IDR map (linkers, tails, long IDRs)

export_research_dataset

Export tables to JSON for pandas/ML pipelines

find_drug_gene_network

Traverse the local drug–gene–disease graph

find_drug_repurposing_candidates

MONDO → candidates ranked by OT evidence × ChEMBL phase

find_evolutionary_structural_shifts

Cross-species structural divergence (TDA + Ensembl orthologs)

generate_variant_clinical_report

HGVS → multi-source report + draft ACMG/AMP criteria

get_common_disease_targets

Parallel profiling across curated MONDO diseases

get_disease_targets

Top drug targets for a MONDO disease (Open Targets)

get_gene_phenotype_profile

HPO phenotypes + gnomAD constraint for a gene

get_knowledge_graph_stats

Database size, entity counts, last activity

get_orphan_disease_atlas

Orphanet → MONDO → HPO + OT targets

get_protein_structure

Retrieve an AlphaFold model: metadata, download URLs, optional coordinates

get_target_diseases

Top diseases for a UniProt target (Open Targets)

lookup_disease

MONDO record + hierarchy + ICD cross-references

lookup_phenotype

HPO term + associated diseases

map_disease_drug_landscape

MONDO → approved drugs + pipeline + ChEMBL phase counts

phenotype_to_structures

HPO → diseases → OT targets → UniProt IDs

query_protein_database

Search locally stored protein assessments

query_variant_database

Search locally stored variant triage results

resolve_icd10_to_mondo

ICD-10 code → MONDO disease record

score_binding_pocket_geometry

Geometric pocket detection + heuristic druggability index

search_diseases

Full-text MONDO ontology search

synthesize_protein_dossier

UniProt → multi-source briefing

triage_variant_3d

HGVS → ClinVar + gnomAD constraint (disease/structure context: pointer notes)

ツールの変更履歴

同じ設定での完全なチェック同士を比較します。ツールの列挙のみで実行はしていません。入力スキーマの変更は測定していません。

完全なツールチェックはまだありません。